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PDB (Protein Data Bank) est une base de données internationalisée qui stocke des données sur la structure des protéines. Il fournit des informations sur la structure des protéines à l'échelle mondiale, y compris les coordonnées atomiques, la topologie structurelle et d'autres résultats expérimentaux et informatiques pertinents. La base de données PDB est gérée et maintenue conjointement par plusieurs organisations de coopération internationale.
L'objectif principal de la base de données PDB est de fournir des informations détaillées sur la structure des protéines pour les chercheurs scientifiques, les biologistes et les concepteurs de médicaments, entre autres. Les protéines sont des molécules essentielles dans les organismes vivants et la compréhension de leur structure tridimensionnelle est importante pour comprendre leur fonction et leurs interactions. Grâce à PDB, les chercheurs peuvent accéder à des dizaines de milliers de structures protéiques et effectuer diverses études analytiques et comparatives.
Chaque entrée dans la base de données PDB représente une structure de protéine qui comprend des informations détaillées sur la séquence, la topologie et la composition chimique de cette protéine. Ces données sont obtenues soit par des techniques expérimentales (telles que la Cristallographie aux rayons X, la résonance magnétique nucléaire, etc.), soit par des méthodes de simulation computationnelle (telles que la simulation de la dynamique moléculaire). La base de données PDB fournit également une gamme d'outils et de ressources pour aider les chercheurs dans des tâches telles que la visualisation structurelle, la prédiction fonctionnelle et la conception de médicaments.